贝斯哲事业群最近接手的并购重组案件中，不乏在交易过程中因各种因素导致双方解除协议的情形。
如双方已经办理完毕股权变更登记后协议解除时，交易双方是否只要到工商部门申请办理股权撤回转让的手续即可？转让时因系溢价，已经缴纳的所得税是否可以退回？守约方在退回对方股权转让款的同时，可能会因对方违约行为而收到一笔违约金，是否需要缴税？
2005年，国家税务总局对发生在四川的某股权转让案件，曾作出《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》，规定如下：“根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个人所得税法）及其实施条例和《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称征管法）的有关规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。”
另，国税函【2006】866号《国家税务总局关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》则规定：根据《中华人民共和国个人所得税法》的有关规定，股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因财产转让而产生的收入。转让方个人取得的该违约金应并入财产转让收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，税款由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。
假设：
甲乙双方就目标公司股权转让已完成变更审批但并未全部履行完毕，后协议解除原股转协议，此时可能出现结果如下：
1、双方第一次股权转让时系溢价交易，转让方甲因受让所得已缴纳的所得税，无法申请退回。
2、现双方协议解除，转让方甲退还已向乙方收取的股权转让款，且未收取任何违约金。基于股权已完成变更登记，双方应重新办理一次股权转让，但因甲方并无其他收入，因此无需就第二次股权转让缴纳所得税；
3、如协议解除后，转让方甲在退还已向乙方收取的股权转让款外，另收到一笔乙方支付的违约金。根据国税函〔2006〕866号的规定，该笔违约金属于甲方的财产转让收入，应按财产转让所得缴纳所得税，即个人应缴纳20%的个人所得税，境外企业应缴纳10%的所得税，境内企业则并入企业应纳税所得额视当年盈亏情况确定是否需要缴纳所得税。
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