特許權使用費收入，是指企業提供專利權、非專利技術、商標權、著作權以及其他特許權的使用權取得的收入（《企業所得稅法實施條例》第二十條）。如許可使用方來自於境外，根據財稅（2016）36號《關於全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》規定，境內企業向境外支付特許權使用費時，屬於境外單位向境內單位提供的增值稅應稅服務，需要由國外企業在國內按6%的稅率扣繳國內環節的增值稅及相應的附加稅；及《企業所得稅法》及其實施條例規定，當境外企業從境內企業收取特許權使用費時需按10%扣繳企業所得稅，因此兩稅合計共為16%的稅負率。即使如此，由於與2008年內外資企業所得稅統一後的25%所得稅率仍有不小的空間，這就使得一些企業意識到特許權使用費在某種程度上可以作為有效的“節稅”手段而大加利用，從而產生稅務風險。
實務中，稅務機關於以下情形的特許權使用費支付，將予特別關注：
一、向避稅地支付較多特許權使用費或不予徵稅的勞務費的
避稅地多為離岸公司，並無真正的辦公地址和辦公人員存在，與該類公司的特許權使用合同多為虛構，兩公司之間並不存在真正的交易，此種情形下的特許權使用費支出，最易產生被查核的風險。
實務中我們也發現，有些企業基於集團內所有企業且與境外授權方捆綁式洽談技術合作，因此可能使用某一避稅地公司統一向境內關係企業收取特許權使用費後再對外統一支付的情形。此類方式並非不被允許，但避稅地公司並非真正的許可方，因此不建議過多留存利潤在此以免增加稅務查核風險。
二、享受高新技術企業優惠待遇，但又同時支付大額特許權使用費的
高新技術企業認定的標準之一，是企業擁有獨立的研發能力。如果有大額特許權使用費，尤其是與高新技術企業認定過程中所闡述的高新技術相同或相似的技術，勢必就使得該企業的獨立研發能力大打折扣。
三、經營狀況未發生變化而新增支付項目，改變支付標準或支付流向發生變化的
2008年起外商投資企業的兩免三減半稅收優惠政策取消後，企業所得稅率統一按25%徵收，一些已經營數年的外資企業往往會以所謂向境外母公司或關係企業支付特許權使用費的名義進行節稅規劃，實際上企業經營項目及使用技術等並未有任何變化。
四、支付特許權使用費同時支付較多勞務費用的
根據國稅發（2010）19號《非居民企業所得稅核定征收管理辦法》第七條規定：“非居民企業為中國境內客戶提供勞務取得的收入，凡其提供的服務全部發生在中國境內的，應全額在中國境內申報繳納企業所得稅。凡其提供的服務同時發生在中國境內外的，應以勞務發生地為原則劃分其境內外收入，並就其在中國境內取得的勞務收入申報繳納企業所得稅。”如勞務全部發生在中國境外因此不需繳納增值稅，因此很多企業在支付特許權使用費時，將同一份合約人為切分為技術服務合同及勞務全部發生在境外的合同，以此來避開部分費用的稅收繳納。
根據《非居民企業所得稅核定征收管理辦法》規定，稅務機關對其境內外收入劃分的合理性和真實性有疑義的，可以要求非居民企業提供真實有效的證明，並根據工作量、工作時間、成本費用等因素合理劃分其境內外收入；如非居民企業不能提供真實有效的證明，稅務機關可視同其提供的服務全部發生在中國境內，確定其勞務收入並據以徵收企業所得稅。
五、交易雙方存在關聯關係且支付金額巨大、支付標準發生變化、支付標準與營業常規差異較大
雖特許權使用合同一直存在，但隨著企業所得稅率的變化，特許權使用費的金額或占銷售收入的比例亦有所增加，在企業生產技術並未改善或提高的情況下，該類情形亦不被允許。
六、特許權使用費的支付標準、額度等與行業常規不符
特許權使用費通常採取兩種收費方式：固定收費或按銷售收入（或利潤）的百分比收取。如前所述，鑒於智慧財產權價值評估的標準不一，如以銷售收入的百分比收取時應多少合適？法律上並未有明確規定，實務中建議不超過5%為宜。
